WindowsでMySQL環境作ったときも同じくわからなくなって調べてたけど
Linuxでも同じくわかんなかったから忘備録残す
CUIだから覚えにくいんだよなー
やり方は単純mysql --helpを実行するだけで書いてる
# mysql --help
中略
Default options are read from the following files in the given order:
/etc/my.cnf /etc/mysql/my.cnf /usr/etc/my.cnf ~/.my.cnf